Увеличен диаметр двигателя, четыре сопла заменены одним, применено управление полетом с помощью ввода фреона в закритическую часть сопла и использования струйных рулей на горячем газе. Несколько увеличились длина и стартовая масса ракеты. Первый запуск ракеты "Минитмен 3" состоялся в августе 1968 г., закупка их ВВС началась в 1969-1970 финансовом году. Стоимость одной ракеты составляла 7 млн дол.
В дальнейшем была проведена доработка и ракет "Минитмен 3". Она практически не коснулась ее ракетной части и свелась к замене боеголовок на имеющие более мощный заряд (при почти той же массе) и лучшие аэродинамические качества и к совершенствованию системы управления. Были проведены доработки системы управления и на ракетах, уже поставленных на боевое дежурство, позволившие поднять их точность.
В результате появились два варианта ракет "Минитмен 3", имеющие одинаковые размеры, массу, точность, но отличающиеся мощностью зарядов боеголовок. Последний вариант получил обозначение "Минитмен ЗУ" (или "Минитмен ЗА"). Все варианты ракет "Минитмен" размещались в практически одинаковых шахтных пусковых Установках. Так называется старт под действием тяги двигателя первой ступени. Продукты сгорания выбрасываются через зазор между корпусом ракеты и стволом Шахты.
Первый вариант шахтной ПУ имел защищенность примерно в 2 МПа, затем защищенность была повышена до 7 МПа. Следует отметить, что размеры пусковых установок делались заведомо большими, Чем это было нужно для установки ракет "Минитмен". В 60-х гг. ракеты "Минитмен" ставили на боевое дежурство быстрыми темпами (в некоторые годы ставилось на дежурство более 150 ракет). К 1969 г. группировка МБР насчитывала примерно тысячу ракет "Минитмен 1" и "Минитмен 2".