Второй предполагалось использовать для обороны высокозащищенных объектов (баз МБР). Этот вариант должен был, помимо указанных противоракет, включать и ПР "Хайбекс", предназначенную для поражения боеголовок на малых высотах. Таким образом, система ПРО "Найк Икс" в зависимости от особенностей защищаемых объектов могла быть двух- или трехрубежной. Все три противоракеты должны были иметь ядерные боевые части: ракета "Спартан" - с мощностью заряда в 1 Мт, ПР "Спринт" и "Хайбекс" - около 1 кт. Система наведения противоракет была радиокомандной.

В качестве основных органов управления ракет "Спартан" и "Спринт" должны были применяться аэродинамические рули, однако для ракеты "Спринт" рассматривалась возможность использования и газодинамических устройств. На ракете "Хайбекс" газодинамические органы управления полетом были основными. Управляющие реактивные сопла располагались в задней части корпуса на днище. При выключении на доли секунды соответствующей группы сопел противоракета выполняла резкий маневр.

Особенностью всех трех противоракет были высокие предельные скорости - порядка 3 км/с и большие ускорения. Для ракеты "Спартан" ускорения составляли несколько десятков g, для ракет "Спринт" - до 100 g и для ПР "Хайбекс" - около 300 g. Особое внимание при разработке системы "Найк Икс" было уделено созданию радиолокационных станций. Система должна была строиться на использовании РЛС трех основных типов: MAR, MSR и PAR.

Многофункциональная РЛС MAR должна была обеспечивать одновременно обнаружение, распознавание и сопровождение нескольких целей, а при необходимости также сопровождение и наведение противоракет. В порядке усовершенствование РЛС MAR разрабатывался менее сложный ее вариант TACMAR. Станция MSR предназначалась для сопровождения и наведения ракет "Спартан" и "Спринт".